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過去稅法的規定，營利事業所得稅 的課徵是以企業稅後盈餘為基礎，也就是說個人投資營利事業所得到的盈餘分配，在被列入個人所得課徵綜合所得稅前，已經先被課過營利事業所得稅，等於是一隻牛被扒兩層皮，重複課稅。
由於有這種重複課稅的狀況，所以綜合所得稅含營利事業所得稅合併課徵的「兩稅合一」的制度，在民國八十六年底被通過，個人因為投資營利事業，營利事業所繳納的營利事業所得稅，可用來扣抵股東個人的綜合所得稅；股東適用的邊際稅率如果高於公司稅率，需要補稅，股東適用的邊際稅率如果低於公司稅率，則可退稅。公司間轉投資所獲的股利完全免稅。設算扣抵制度，以本國股東為限，外國股東不適用。
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